木材出口程序相對繁瑣、嚴謹，只有特許地開發公司有資格向政府申請木材出口許可。其程序是：農牧漁業部森林管理局局長根據洪森總理對公司特許地開發的批文及公司的申請，在實地審查了公司的開發計劃落實情況后，向農牧漁業部部長呈遞相關報告，請求批準公司的木材出口申請；農牧漁業部部長根據這份報告，向總理府分管副總理呈遞相關請示報告；總理府副總理審查全部的文件資料，符合批準要件，以總理府文件發出批準函；公司憑總理府批準函分別向商業部、財經部、海關總局等相關部門申辦出口所必須手續。

總理府的批準函明確規定了出口木材的種類（只要是特許土地上收集到的木材，已經依法納稅，其直徑或厚度在25厘米以下）、形態、出口口岸及有效時間等。

目前柬埔寨有很多人聲稱自己可以辦理木材出口事宜，其真實性大都值得懷疑。另外有一些人很肯定地聲稱柬埔寨木材不可以出口，這些人完全不懂特許地開發是怎樣的一個項目，也完全搞不懂柬埔寨的木材出口程序。

由于辦理出口手續的程序十分嚴謹，對公司的實際開發（與政府簽訂合同的履約程度）要求很高，一些公司不得不放棄出口計劃。另外一些特許地開發公司則忽略木材收益，選擇放棄木材資源的收集。還有的開發公司為了盡快獲得收益，在繳納資源稅后對木材進行簡單加工，以低廉的價格進行國內銷售。

柬埔寨也有神通廣大的人通過特殊渠道將木材出口，這畢竟不是合法交易，容易發生問題。2007年就有中國大陸人、香港人、臺灣人因此而鋃鐺入獄或承受巨額經濟損失。